Пионерский тест, выполняемый в тот же день, был использован для выявления скрытых и устойчивых к лекарствам инфекций у детей в отделении интенсивной терапии, потому что, по-видимому, ждать, пока бактерии вырастут в чашке, больше не является вершиной медицинской изощрённости.

Образцы из дыхательных путей более чем 100 тяжелобольных маленьких пациентов лондонской больницы Грейт-Ормонд-стрит (GOSH) были отправлены на так называемое метагеномное тестирование. Оно может идентифицировать бактерии, вирусы и грибки из одного образца, что во многих случаях влияет на то, что назначают врачи. Метагеномика способна обнаруживать инфекции, которые пропускают стандартные тесты, а значит, улучшает исходы для некоторых тяжелобольных пациентов — концепция, которая никого не должна удивлять, но всё же приветствуется.

В марте 10-летняя Уиллоу Кроутер опасно заболела пневмонией, что вызвало приступ и множественные остановки сердца. Уиллоу из Кента была госпитализирована в отделение интенсивной терапии GOSH. Её маме, Стейси Мур, сказали, что у неё 50% шансов выжить. «Консультант сказал... нам следует собрать семью, чтобы попрощаться с ней. Вот насколько критичным было её состояние и насколько велика была опасность, что она умрёт».

Команда GOSH использовала метагеномику — диагностический тест, который работает путём секвенирования всего присутствующего генетического материала, в отличие от традиционных методов, где клиницистам нужно заранее решить, что они ищут. Тест выявил, что у Уиллоу была инфекция, вызванная устойчивыми к лекарствам бактериями, для которой требовался другой антибиотик, не тот, что ей назначили. «Сам факт, что у них был доступный для неё тест, был первостепенным. Это спасло ей жизнь», — сказала Стейси. «Это чудо, что она здесь, и мы чрезвычайно благодарны за это», — добавил отец Уиллоу, Расс.

С правильным лечением Уиллоу в конце концов смогла оправиться от инфекции, но ей потребовалось несколько месяцев в больнице. Она — одна из многих пациентов детской больницы, которым пошёл на пользу новый тип тестирования.

В ходе исследования в 2024–2025 годах метагеномное тестирование было применено к 122 тяжелобольным детям в отделении педиатрической интенсивной терапии (ОИТ) в GOSH. Результаты теперь опубликованы в Lancet Microbe.

Метагеномное тестирование анализирует весь генетический материал в образце и может обнаруживать тысячи различных патогенов. Для сравнения, самый распространённый метод идентификации бактерий — попытка культивировать их в чашках Петри, технология, используемая ещё с викторианских времён. Другой тест, ПЦР, может идентифицировать вирусы и некоторые бактерии, но врачам нужно указать, что именно они пытаются обнаружить.

Метагеномное тестирование в GOSH смогло идентифицировать около девяти из десяти бактерий и вирусов и все грибки в образцах. В четверти случаев результаты повлияли на решения о назначениях, включая начало, прекращение или смену антибиотика.

Доктор Сэм Рэй, консультант по педиатрической интенсивной терапии в GOSH и соавтор исследования, сказал, что традиционное тестирование требовало от клиницистов обоснованного предположения о том, какую инфекцию они ищут. «Исследование помогло нам выявлять инфекции, которые мы бы пропустили, назначать детям правильное лечение и прекращать антибиотики, когда мы знаем, что они не сработают. Отмена ненужного лечения невероятно важна в борьбе с растущей антимикробной резистентностью».

Метагеномное тестирование в GOSH также обнаружило 50 организмов, не выявленных рутинной диагностикой, а значит, оно может играть роль раннего предупреждения о новых инфекциях. Доктор Джулианна Браун, руководитель Службы метагеномики GOSH и со-старший автор исследования, сказала, что новое тестирование постепенно внедряется примерно в 30 отделениях интенсивной терапии по всей Великобритании, где лечат и взрослых, и детей. «Это может быть мощным инструментом для выявления новых инфекций, представляющих пандемическую угрозу», — добавила она. «В будущем, если появится новый загадочный патоген, который может стать причиной следующей пандемии, мы обнаружим его очень быстро и примем нужные меры».

Проект в GOSH опирается на испытания в трасте NHS Гая и Сент-Томаса, где метагеномику впервые использовали для тестирования на ре