Pionierski test tego samego dnia został użyty do wykrycia ukrytych i lekoopornych infekcji u dzieci na intensywnej terapii, ponieważ najwyraźniej czekanie, aż bakterie wyrosną na szalce, nie jest już szczytem medycznej finezji.

Próbki z dróg oddechowych od ponad 100 krytycznie chorych młodych pacjentów w londyńskim Great Ormond Street Hospital (GOSH) zostały wysłane na tak zwane badanie metagenomiczne. Może ono zidentyfikować bakterie, wirusy i grzyby z jednej próbki, co w wielu przypadkach wpływa na to, co przepisują lekarze. Metagenomika może wykryć infekcje, które umykają standardowym testom, co oznacza lepsze wyniki dla niektórych krytycznie chorych pacjentów – koncept, który nie powinien nikogo dziwić, ale mimo to jest mile widziany.

W marcu 10-letnia Willow Crowther poważnie zachorowała na zapalenie płuc, co wywołało napad drgawkowy i wielokrotne zatrzymania krążenia. Willow z Kentu została przyjęta na intensywną terapię w GOSH. Jej mama, Stacey Moore, usłyszała, że ma 50% szans na przeżycie. "Konsultant powiedział... że powinniśmy sprowadzić rodzinę, aby się z nią pożegnać. Tak krytyczny był jej stan i tak bardzo groziło jej odejście."

Zespół w GOSH użył metagenomiki – testu diagnostycznego, który działa poprzez sekwencjonowanie całego materiału genetycznego obecnego w próbce, w przeciwieństwie do konwencjonalnych metod, w których klinicyści muszą z góry zdecydować, czego szukają. Test zidentyfikował, że Willow miała lekooporną infekcję bakteryjną, która wymagała innego antybiotyku niż ten, który jej przepisano. "Fakt, że mieli tam test dostępny dla niej, był kluczowy. Uratował jej życie" – powiedziała Stacey. "To cud, że tu jest i jesteśmy za to niezwykle wdzięczni" – dodał tata Willow, Russ.

Dzięki właściwemu leczeniu Willow ostatecznie wróciła do zdrowia po infekcji, ale potrzebowała kilku miesięcy w szpitalu. Jest jedną z wielu pacjentów szpitala dziecięcego, którzy skorzystali z nowego rodzaju testowania.

W badaniu w latach 2024–2025 testy metagenomiczne zastosowano u 122 krytycznie chorych dzieci na oddziale intensywnej terapii pediatrycznej (ICU) w GOSH. Wyniki zostały właśnie opublikowane w Lancet Microbe.

Testowanie metagenomiczne analizuje cały materiał genetyczny w próbce i może wykryć tysiące różnych patogenów. Dla kontrastu, najczęstszą metodą identyfikacji bakterii jest próba hodowania ich na szalkach Petriego – technologia stosowana od czasów wiktoriańskich. Inny test, PCR, może zidentyfikować wirusy i niektóre bakterie, ale lekarze muszą określić, czego szukają.

Testowanie metagenomiczne w GOSH było w stanie zidentyfikować około dziewięciu na dziesięć bakterii i wirusów oraz wszystkie grzyby w próbkach. W jednej czwartej przypadków wyniki wpłynęły na decyzje o przepisywaniu leków, w tym rozpoczęcie, zaprzestanie lub zmianę antybiotyku.

Dr Sam Ray, konsultant w dziedzinie intensywnej terapii pediatrycznej w GOSH i współautor badania, powiedział, że tradycyjne testowanie wymagało od klinicystów wykształconego zgadywania, jakiej infekcji szukają. "Badanie pomogło nam dostrzec infekcje, które byśmy przeoczyli, wdrożyć dzieci na właściwe leczenie i odstawić antybiotyki, gdy wiemy, że nie zadziałają. Usuwanie niepotrzebnego leczenia jest niezwykle ważne w walce z rosnącą opornością na środki przeciwdrobnoustrojowe."

Testowanie metagenomiczne w GOSH wykryło również 50 organizmów niezidentyfikowanych przez rutynową diagnostykę, co oznacza, że może odgrywać rolę wczesnego ostrzegania przed nowymi infekcjami. Dr Julianne Brown, kierownik GOSH Metagenomics Service i współstarsza autorka badania, powiedziała, że nowe testowanie jest stopniowo wdrażane w około 30 oddziałach intensywnej terapii w Wielkiej Brytanii leczących zarówno dorosłych, jak i dzieci. "Może to być potężne narzędzie do identyfikowania nowych infekcji, które stanowią zagrożenie pandemiczne" – dodała. "W przyszłości, gdyby pojawił się nowy tajemniczy patogen, który mógłby być przyczyną następnej pandemii, wykrylibyśmy go bardzo szybko i wdrożylibyśmy odpowiednie środki."

Projekt w GOSH opiera się na badaniach w Guy's and St Thomas' NHS Trust, które po raz pierwszy użyły metagenomiki do testowania pod kątem re