Un test pionnier réalisé le jour même a été utilisé pour détecter des infections cachées et résistantes aux médicaments chez des enfants en soins intensifs, parce qu'apparemment, attendre que les bactéries poussent dans une boîte n'est plus le summum de la sophistication médicale.

Des échantillons respiratoires de plus de 100 jeunes patients gravement malades à l'hôpital Great Ormond Street de Londres (GOSH) ont été envoyés pour ce qu'on appelle un test métagénomique. Il peut identifier bactéries, virus et champignons à partir d'un seul échantillon, ce qui, dans de nombreux cas, influence ce que les médecins prescrivent. La métagénomique peut détecter des infections que les tests standard manquent, ce qui signifie de meilleurs résultats pour certains patients gravement malades – un concept qui ne devrait surprendre personne mais qui est néanmoins bienvenu.

En mars, Willow Crowther, 10 ans, est tombée dangereusement malade d'une pneumonie, qui a déclenché une crise convulsive et de multiples arrêts cardiaques. Willow, originaire du Kent, a été admise en soins intensifs à GOSH. Sa mère, Stacey Moore, a appris qu'elle avait 50 % de chances de survie. « Le consultant a dit... que nous devrions faire venir notre famille pour lui dire au revoir. C'est dire à quel point elle était critique et en danger de mourir. »

L'équipe de GOSH a utilisé la métagénomique – un test diagnostique qui fonctionne en séquençant tout le matériel génétique présent, contrairement aux méthodes conventionnelles où les cliniciens doivent décider à l'avance ce qu'ils recherchent. Le test a identifié que Willow avait une infection bactérienne résistante aux médicaments qui nécessitait un antibiotique différent de celui qui lui avait été prescrit. « Le fait qu'ils aient eu un test disponible pour elle était primordial. Cela lui a sauvé la vie », a déclaré Stacey. « C'est un miracle qu'elle soit là et nous en sommes extrêmement reconnaissants », a ajouté le père de Willow, Russ.

Avec le bon traitement, Willow a finalement pu se remettre de son infection, mais elle a eu besoin de plusieurs mois d'hospitalisation. Elle est l'une des nombreux patients de l'hôpital pour enfants à bénéficier de ce nouveau type de test.

Au cours d'une étude menée en 2024-2025, le test métagénomique a été utilisé sur 122 enfants gravement malades dans l'unité de soins intensifs pédiatriques (USIP) de GOSH. Les résultats ont maintenant été publiés dans le Lancet Microbe.

Le test métagénomique analyse tout le matériel génétique d'un échantillon et peut détecter des milliers de pathogènes différents. En revanche, la méthode la plus courante pour identifier les bactéries consiste à essayer de les cultiver dans des boîtes de Petri, une technologie utilisée depuis l'époque victorienne. Un autre test, la PCR, peut identifier les virus et certaines bactéries, mais les médecins doivent préciser ce qu'ils cherchent à détecter.

Le test métagénomique à GOSH a pu identifier environ neuf bactéries et virus sur dix et tous les champignons dans les échantillons. Dans un quart des cas, les résultats ont influencé les décisions de prescription, notamment en commençant, arrêtant ou changeant un antibiotique.

Le Dr Sam Ray, consultant en médecine de soins intensifs pédiatriques à GOSH et co-auteur de l'étude, a déclaré que les tests traditionnels obligeaient les cliniciens à faire une supposition éclairée sur l'infection qu'ils recherchaient. « L'étude nous a aidés à repérer des infections que nous aurions manquées, à mettre les enfants sous le bon traitement et à arrêter les antibiotiques quand nous savons qu'ils ne fonctionneront pas. Éliminer les traitements inutiles est incroyablement important dans la lutte contre la résistance antimicrobienne croissante. »

Le test métagénomique à GOSH a également détecté 50 organismes non identifiés par les diagnostics de routine, ce qui signifie qu'il pourrait jouer un rôle d'alerte précoce contre de nouvelles infections. La Dre Julianne Brown, responsable du service de métagénomique de GOSH et co-auteure principale de l'étude, a déclaré que le nouveau test était progressivement déployé dans environ 30 unités de soins intensifs à travers le Royaume-Uni traitant à la fois des adultes et des enfants. « Cela pourrait être un outil puissant pour identifier de nouvelles infections qui représentent une menace pandémique », a-t-elle ajouté. « À l'avenir, s'il devait y avoir un nouveau pathogène mystérieux qui pourrait être à l'origine de la prochaine pandémie, nous le détecterions très rapidement et mettrions en place les bonnes mesures. »

Le projet à GOSH s'appuie sur des essais au Guy's and St Thomas' NHS Trust qui ont d'abord utilisé la métagénomique pour tester des infections respiratoires.