ヨーロッパで最も有名なミイラ、アイスマン・エッツィは微生物で溢れている。中には何千年も前に死んだもの、何とか生き延びているもの、そして非常に現代的なものもいる。銅器時代の男はエッツタール・アルプスで亡くなった後、5300年間一人忘れ去られていたが、1991年にハイカーたちが凍結乾燥された遺体を偶然発見した。それ以来、科学者たちは彼のDNAを解読し、最後の食事や腸内微生物の残骸を調べ、衣服や壊れた道具を調査してきた。現在、エッツィはイタリアの南チロル考古学博物館にあるハイテクな安置所に横たわっているが、彼の体は今もなお、死後すぐに彼と共にあったと思われる数種の寒冷適応酵母の宿主となっていることが判明した。
微生物学者モハメド・S・サルハン（私立ユーラック研究所ミイラ研究部門）と同僚たちは最近、エッツィの胃からサンプルを採取し、体内の融解水、皮膚の拭き取り、さらには冷凍保管室や外部の実験室の空中浮遊微生物も採取した。また、1991年にエッツィの遺体の隣から採取された凍結アルプス土壌のブロックからもサンプルを取った。2019年の研究でエッツィの腸内微生物についてはかなり分かっているが、サルハンたちはより大きな全体像を求めていた。彼らは単にエッツィから見つかる全微生物DNAを配列するのではなく、どの種が本当に彼の古代の一人エコシステムの一部で、どれが現代の汚染物質かを理解したかったのだ。
サルハンたちはサンプルの一部を培養し、また一部をショットガンメタゲノミクスにかけた。これはサンプル中に浮遊するDNA断片すべてを配列するプロセスだ。エッツィの腸内では、以前の研究と同様に、古代の「西洋化されていない」腸内マイクロバイオームに一致する多数の細菌の古代DNAが見つかった。しかし、ミイラの他の場所では、実際には死んでいない微生物も発見された。
エッツィは、彼の体を5000年以上保存した氷河に可能な限り近い、注意深く維持された環境に保管されている。保管室は-6℃の低温で、UV処理された水の噴霧により99%の湿度が保たれている。これは通常人間の遺体を分解する微生物のほとんどからミイラを守るのに十分だ。しかしサルハンたちは、これがエッツィが山から持ち込んだ数種の微生物にとって完璧な環境であることに驚いた。
ミイラのサンプルから、サルハンたちは4株の耐寒性酵母を発見した。これらは北極の氷河、南極、イタリアやロシアの高山で見られる酵母と近縁だ。そして、断片化した古いDNAしか残さないエッツィの死んだ腸内細菌とは異なり、これらの酵母は生きて繁殖しているように見える（ただし、まあ、氷河のようなペースで）。「これらの酵母はエッツィに何千年にもわたる長い旅路に同行してきた」と、ユーラックのミイラ研究部門ディレクターで最近の研究の共著者であるフランク・マクシナーはプレスリリースで述べた。（エッツィはそれをあまり心強く思っていないだろうが、それは分からない。）
酵母（菌類ファン向けに言えば、Phenolifera属、Glaciozyma属、Goffeauzyma属、Mrakia属）は、エッツィの皮膚、胃、体内から採取した水から見つかった。サルハンたちはサンプルから生きた酵母を培養したが、ショットガンメタゲノミクスの結果は、短いDNA断片の多くが時間とともにDNA分子が分解する際に生じる損傷を受けていることを示した。これは古代DNAの特徴であり、酵母はエッツィの死後間もなくから彼の体の上や内部に住み着いていた可能性が高いことを意味する。そしてサルハンたちが2010年のサンプルと2019年のサンプルを比較したところ、平均して断片が長く損傷が少なかった。つまり、より最近のDNAが混ざっていることを示しており、