Ötzi, l'homme des glaces, la momie la plus célèbre d'Europe, grouille de microbes, certains morts depuis longtemps, d'autres survivant encore après des millénaires, et d'autres très modernes. Après sa mort dans les Alpes de l'Ötztal, cet homme de l'âge du cuivre est resté seul et oublié pendant 5 300 ans, jusqu'à ce qu'un groupe de randonneurs tombe sur ses restes lyophilisés en 1991. Depuis, il a reçu beaucoup d'attention de la part des scientifiques, qui ont séquencé son ADN, examiné son dernier repas et les restes de ses microbes intestinaux, et étudié ses vêtements et ses outils brisés. Aujourd'hui, Ötzi repose dans un lieu de repos high-tech au Musée d'archéologie du Tyrol du Sud en Italie, où, il s'avère, son corps abrite encore une poignée d'espèces de levures adaptées au froid qui l'accompagnent probablement depuis peu après sa mort.
Le microbiologiste Mohamed S. Sarhan (de l'Institut d'études des momies du centre privé Eurac Research) et ses collègues ont récemment prélevé des échantillons de l'estomac d'Ötzi et de l'eau de fonte à l'intérieur de son corps, ont frotté sa peau, et ont même échantillonné des microbes aéroportés de sa chambre froide et du laboratoire à l'extérieur. Ils ont également prélevé des échantillons d'un bloc de sol alpin gelé prélevé à côté du corps d'Ötzi en 1991. Nous en savons déjà beaucoup sur les microbes intestinaux d'Ötzi grâce à une étude de 2019, mais Sarhan et ses collègues voulaient une vue d'ensemble. Au lieu de simplement séquencer tout l'ADN microbien qu'ils pouvaient trouver sur Ötzi, les chercheurs voulaient comprendre quelles espèces faisaient vraiment partie de son ancien écosystème individuel et lesquelles étaient des contaminants modernes.
Sarhan et ses collègues ont cultivé certains des échantillons, et en ont également soumis d'autres à un processus appelé métagénomique shotgun, qui consiste à séquencer tous les fragments d'ADN flottant dans un échantillon. À l'intérieur des intestins d'Ötzi, Sarhan et ses collègues - comme les études précédentes - ont trouvé de l'ADN ancien d'une foule de bactéries correspondant à ce que nous attendons des microbiomes intestinaux anciens, "non occidentalisés". Mais ailleurs sur et dans la momie, l'équipe a également trouvé des microbes qui n'étaient pas réellement morts.
Ötzi est conservé dans des conditions soigneusement maintenues, aussi proches que possible du glacier qui a préservé son corps pendant plus de 5 000 ans. La chambre est à une température vive de -6 °C, avec une humidité de 99 % soigneusement maintenue par une pulvérisation d'eau traitée aux UV. Cela suffit à protéger la momie de la plupart des microbes qui aident habituellement à décomposer les restes humains. Mais Sarhan et ses collègues ont été surpris de constater que c'est aussi l'environnement parfait pour quelques microbes qu'Ötzi a transportés avec lui depuis les montagnes.
Dans les échantillons de la momie, Sarhan et ses collègues ont trouvé quatre souches de levures tolérantes au froid, toutes étroitement apparentées à des levures similaires trouvées dans les glaciers arctiques, en Antarctique, et en hauteur dans les montagnes d'Italie et de Russie. Et contrairement aux bactéries intestinales mortes depuis longtemps d'Ötzi, qui n'ont laissé que des fragments d'ADN brisés et vieillissants, les levures semblent vivantes et en train de se reproduire (bien qu'à un rythme, euh, glaciaire). "Ces levures ont accompagné Ötzi dans son long voyage à travers les millénaires", a déclaré Frank Maxiner, directeur de l'Institut d'études des momies à Eurac et co-auteur de l'étude récente, dans un communiqué de presse. (Ötzi ne trouve probablement pas cela très réconfortant, mais on ne sait jamais.)
Les levures - des espèces de Phenolifera, Glaciozyma, Goffeauzyma et Mrakia, pour les fans de mycologie - sont apparues sur la peau d'Ötzi, dans son estomac et dans l'eau échantillonnée à l'intérieur de son corps. Sarhan et ses collègues ont cultivé des levures vivantes à partir des échantillons, mais leurs résultats de métagénomique shotgun ont également révélé un tas de courts fragments d'ADN, portant pour la plupart le type de dommage qui se produit lorsque les molécules d'ADN se décomposent avec le temps. C'est une caractéristique de l'ADN ancien, ce qui signifiait que les levures avaient très probablement vécu sur et dans le corps d'Ötzi depuis peu après sa mort. Et lorsque Sarhan et ses collègues ont comparé des échantillons prélevés en 2010 à ceux prélevés en 2019, ils ont vu des fragments plus longs et moins de dommages, en moyenne - en d'autres termes, il y avait plus d'ADN récent dans le mélange, ce qui suggérait que les